چون فیلیپین یک مجمعالجزایر است، آسانترین راه برای جابجایی بین جزایر، هواپیما است. خطوط هوایی فیلیپین (از جمله شرکت خواهر آن پال اکسپرس)، سیبو پاسیفیک، پروازهای داخلی زیادی دارند که خط ارتباط بسیاری از شهرهای اصلی با مانیل و سیبو هستند، در حالی که ایر آسیا و تایگر ایروِیز نیز مقصدهای فرعی را پوشش میدهند. چند شرکت حمل و نقل کوچکتر نیز وجود دارند که به مقاصد تفرجگاهی (نظیر آمانپولو در پالاوان) و همین طور مقصدهای دورافتادهتر پرواز میکنند. در حالی که برای پرواز به شهرهای بزرگتر از هواپیمای جت استفاده میشود، اما در بسیاری از مقصدها و مسیرهای کمتر شلوغ، از هواپیماهای دارای پروانه استفاده میشود.
برخلاف اغلب کشورهای دیگر، ساختمان پایانه تنها برای مسافران است (و همچنین کارکنان فرودگاه و خطوط هوایی). شما برای ورود باید پرینت رزرو پرواز خود را ارائه کنید. علاوه بر بازرسی پس از ورود، در زمان ورود به پایانه نیز بازرسی امنیتی به عمل میآید.