فرودگاه بین المللی نینوی آکوئینو (NAIA) به چهار پایانه تقسیم میشود: پایانههای 1، 2، 3 و پایانهی داخلی (به پایانهی 4 معروف است). به استثنای چند مورد، تمام خطوط هوایی از پایانهی 1 استفاده میکنند: خطوط هوایی فیلیپین از پایانهی 2 استفاده میکند، در حالی که سیبو پاسیفیک، ایرفیل اکسپرس و تمام خطوط هوایی ژاپن از ترمینال 3 استفاده میکنند. ایرآسیا و تایگر ایروِیز از ترمینال داخلی استفاده میکنند. پایانهی 1 که مدتها یکی از بدترین پایانههای فرودگاهی آسیا تلقی میشد، در حال حاضر دردست نوسازی است و چند بخش از این پایانه نوسازی شدهاند. پایانههای جدیدتر 2 و 3 بهتر از پایانهی 1 هستند و علاوه بر این تسهیلات رفاهی نیز دارند.